Однако и Филипп Красивый тоже не дремал. В июне 1303 г. Гийом де Ногаре, легист и министр короля, назначенный на эту должность в 1302 г., во всеуслышание обвинил Бонифация во множестве преступлений, в том числе: убийстве, идолопоклонстве, содомии, симонии и ереси. Должен был состояться очередной Собор, где предполагалось допросить папу. И это были не пустые слова! В Париже и провинциях прошли судебные заседания, на которых неоднократно были перечислены преступления папы. В августе 1303г. Ногаре с небольшим отрядом направился в Италию и 7 сентября 1303 г. вместе с членами семейства Колонна совершил неожиданное нападение на папу в городе Ананьи, осыпая его оскорблениями и угрозами, однако этот план до конца осуществить не удалось из-за ссоры Ногаре с семейством Колонна. Ногаре не рискнул увезти папу во Францию, опасаясь ширившейся оппозиции, и вынужден был освободить его. Однако Бонифаций, которому было уже под восемьдесят, через месяц скончался, не вынеся потрясений.
Новый папа, Бенендикт XI, попытался несколько успокоить политические страсти как отсрочками, так и тем, что раздельно обсуждал дела с самим Филиппом и с его советниками, прежде всего с Ногаре. С марта по май 1304 г. он снял с короля Филиппа и семейства Колонна все предъявленные им обвинения, однако Ногаре по-прежнему был отлучен от церкви. А потому у королевского министра имелась личная заинтересованность в проведении расследования, теперь уже посмертного, по поводу многочисленных преступлений Бонифация VIII, и он стремился непременно осуществить задуманное. В конечном итоге расследование все-таки было проведено в 1310-1311 гг. Требование Ногаре провести его совпало и как бы переплелось с необходимостью провести расследование по делу тамплиеров и весьма сильно сказалось на дальнейшей политике папы Климента V. Меры, предпринятые Бенедиктом XI, восстановили статус короля Франции до того уровня, на котором он находился до издания булл Бонифация VIII. Однако 2 июля 1304 г. Бенедикт умер, и конклав кардиналов в очередной раз был вынужден подбирать подходящего кандидата, который удовлетворил бы обе практически непримиримые партии: сторонников Бонифация VIII и защитников французского государства. По этой причине они в итоге — в качестве компромиссного решения — и сошлись на кандидатуре гасконца Бертрана де Гота.
Климент был провозглашен новым папой 14 ноября в церкви Сен-Жюст в Лионе кардиналом Наполеоном Орсини, главой профранцузской фракции в конклаве. После окончания церемонии торжественная процессия вышла из собора и двинулась по узким улочкам, забитым народом. Папа ехал на белом коне, которого вели за поводья с одной стороны брат короля Карл Валуа, с другой — Жан, герцог Бретонский. Непосредственно за папой ехал сам французский король. Неожиданно под весом множества зевак обвалился кусок старой стены и упал прямо на тех, кто возглавлял процессию
назад далее